Une CPTS fonctionne grâce à l’attribution de subventions par l’Assurance Maladie, dans le cadre d’un Accord Conventionnel Interprofessionnel signé entre la CPTS, l’Assurance Maladie et l’Agence Régionale de Santé.

L’accord prévoit un financement annuel variant selon la taille du territoire de la CPTS (nombre d’habitants) et la mise en œuvre de différentes missions. Des aides complémentaires peuvent être allouées ponctuellement par d’autres partenaires tels que l’ARS et les Union Régionale des Professionnels de Santé (par exemple, dans le cadre d’appels à projets).